康熙元年（1662年），鄭成功收復(fù)臺灣，驅(qū)逐荷蘭侵略者，可是入臺不到半年便因晝夜操勞而病逝，年僅39歲。鄭成功在辭世前曾向中外一再聲明：“臺灣者，是為中國人所經(jīng)營，中國之土地也！”但是，其子鄭經(jīng)卻試圖分裂國土。
康熙五年（1667年）五月, 清廷派投誠將領(lǐng)和鄭經(jīng)在大陸的親戚為說客，至臺灣說服鄭經(jīng)，七月返回，帶回了鄭經(jīng)的書信。信中稱臺灣已“非屬中國版圖”，他做臺灣皇帝“王候之貴固吾所自有，萬世之基已立于不拔”。讓清政府以平等之國待之，互通信使，互相通商，方可使“彼此無虞，波浪不驚”。在致其親戚的信中更是宣稱：“今日東寧（指臺灣），及版圖之外，另辟乾坤，幅幀數(shù)千里，糧食數(shù)十年……何羨于中土哉！”并說，清政府若以蒼生為念，應(yīng)“以外國之禮見待”，否則，只能是白費(fèi)氣力。其分割臺灣野心昭著，氣焰十分囂張。
康熙親政后，清廷派知府慕天顏入臺，主持和議，宣示招撫之意。并做了重大讓步，允許鄭氏封藩，世守臺灣。鄭經(jīng)則提出：“茍能照朝鮮事例，不削發(fā)，稱臣納貢，尊事大之意，則可矣”（江日升《臺灣外記》）？滴醮饛(fù)：“若鄭經(jīng)留戀臺灣，不思拋棄，亦可任從其便。至于比朝鮮不剃發(fā)，愿進(jìn)貢投誠之說，不便允從。朝鮮系從未所有之外國，鄭經(jīng)乃中國之人”（《明清史料丁編》第三本）。故“臺灣不可以與琉球、高麗之外國比”？滴醪辉概_灣成為獨(dú)立于中國之外的國家，故談判破裂。
此后發(fā)生三藩之亂，大陸戰(zhàn)火彌漫。鄭經(jīng)乘機(jī)與吳三桂、耿精忠勾結(jié)，占領(lǐng)廈門與漳州、泉州、潮州、惠州各地。轉(zhuǎn)戰(zhàn)數(shù)年，吳三桂失敗，鄭經(jīng)孤軍難支，又退回臺灣。清朝再一次爭取談判，鄭經(jīng)再次要求“請照琉球、高麗外國之例”，而康熙堅(jiān)決不同意，雙方各持自己的立場談判又無結(jié)果。
不久，鄭經(jīng)病逝，其子鄭克爽嗣位。清廷討論如何解決臺灣問題，康熙排除了眾多反對意見，決定采取“剿撫并用”的方針，“底定海疆”。并決定起用漢人施瑯，授福建水師提督。1683年7月8日施瑯率兵兩萬余人，乘戰(zhàn)船二百余艘出征。鄭克爽等極為恐慌。施瑯一邊武力威脅一邊進(jìn)行政治爭取工作，臺灣民眾“莫不解體歸心，唯恐（編者注：今作惟恐）王師之不早來”（阮錫《海上見聞錄》）。鄭氏集團(tuán)已失去抵抗能力，于7月27日向清軍投降，呈交延平王金印和戶口土地冊籍？滴鮾(yōu)待鄭氏，稱：“爾等從前抗違之罪，全行赦免。仍從優(yōu)敘錄。”（《清圣祖實(shí)錄》卷一百一十一）。鄭氏人眾俱得妥善安置。臺灣遂告統(tǒng)一。
康熙二十三年（1684年），清廷設(shè)臺灣府，隸屬福建省，在臺澎分別駐兵1萬人，設(shè)官治理、筑城戍守，臺灣寶島得以統(tǒng)一于清朝政府之下。